Có nhiều lý do tạo nên thực tế này. Một là, do nội dung học tập môn tiếng Việt và toán ở buổi học thứ hai được trình bày trong công văn còn vắn tắt nên sự vận dụng đa dạng. Trên thực tế, ở nhiều lớp giáo viên không dạy hết nội dung sách giáo khoa trong buổi thứ nhất, vì vậy buổi học thứ hai là thời gian giáo viên giúp học sinh hoàn tất bài vở của buổi học chính khóa. Mặt khác, môn toán và tiếng Việt là hai môn học sẽ kiểm tra định kỳ, và điểm số của hai môn này đóng vai trò quyết định kết quả học tập cuối năm học - căn cứ xếp loại học sinh và xét lên lớp. Điều này dẫn tới việc hiếm có trường không nghĩ tới việc dạy thêm toán, tiếng Việt để giúp học sinh có thể đạt điểm cao trong các kỳ kiểm tra. Hai là, chưa có đủ cơ sở vật chất để thực hiện việc học các môn tự chọn cho học sinh và hoạt động ngoại khóa. Cũng theo công văn, ngoài tiếng Việt và toán, học sinh còn được học những môn tự chọn như Anh văn, vi tính, hội họa hoặc được bồi dưỡng năng lực học tập và hoạt động tập thể. Thế nhưng, trên thực tế còn nhiều trường (ngay cả ở thành phố lớn) chưa có phòng máy tính, chưa có giáo viên chuyên trách, sân bãi chật hẹp, phòng chức năng yếu, thiếu... Như vậy, cách tốt nhất đối với các trường này là sử dụng những giờ đó để học tăng cường các môn chính. Ba là, buổi học thứ hai chỉ thực hiện ở một số trường chứ không phải đồng loạt ở tất cả các trường tiểu học bởi vì cùng một chương trình nhưng có hai kế hoạch phân phối thời gian: hoặc năm buổi/tuần, hoặc nhiều hơn năm buổi mỗi tuần (tức có những ngày học cả ngày hay hai buổi/ngày - theo văn bản chương trình tiểu học - 2001). Bốn là, ở trường học hai buổi/ngày thì để học buổi thứ hai học sinh phải đóng học phí (khoảng 30.000-50.000 đồng/tháng). Tóm lại, do không phải mọi học sinh đều học buổi thứ hai và nội dung học chủ yếu là văn hóa lại phải đóng tiền khi học nên ai cũng hiểu buổi học thứ hai là buổi học thêm vậy. Bao giờ chúng ta có đủ điều kiện hạ tầng (cơ sở vật chất, cơ chế quản lý...) để buổi học thứ hai trong ngày của chương trình tiểu học mới không trở thành buổi dạy thêm?